민주연구원

정부의 연구개발투자 지원에 대한 평가 및 제언

 

Ⅰ. 논의의 배경

 연구개발에 대한 투자는 기술력 향상을 통해 생산성을 제고시키며, 연구개발 과정 및 결과로부터 발생   하는 다양한 외부효과는 결과적으로 경제성장에도 긍정적인 영향을 미침에 따라 정부는 이를 장려하기   위하여 직·간접적인 형태로 지원하고 있음

❍ 연구개발 투자에 대한 정부의 지원은 직접지원과 간접지원 어느 한가지 형태로 이루어지지 않고 두가     지 지원 방식이 혼합되어 이루어짐

- 정부의 직접지원은 국가연구개발사업 형태로 정부의 희망분야 중심으로 연구개발 투자를 유인할 수         있는 장점이 있으며, 간접지원은 민간의 연구개발 투자에 대해 사후적인 조세감면으로 이루어짐

❍ 연구개발은 국가 및 기업의 경쟁력 향상을 위해 중요한 역할을 함에 따라 본고는 연구개발투자에 한        정부의 직·간접지원 현황을 간략히 살펴보고 개선방안을 마련하고자 함

Ⅱ. 국가연구개발사업

 국가연구개발사업 개요

❍ 국가연구개발사업은 중앙행정기관이 법령에 따라 연구개발과제를 특정하여 연구개발비의 전부 또는       일부를 출연 또는 공공기금 등으로 지원하는 과학기술 분야의 연구개발사업임

- 국가연구개발사업은 국민의 세금으로 지원되기 때문에 과제 선정 절차도 중요하지만 과제 선정 이후       연구비 지급 및 관리, 그리고 연구개발에 대한 관리가 상대적으로 중요함

- 정부 및 참여기업의 연구개발비 출연·부담금은 중소기업 중심으로 구성되어 있는데 중소기업 단독, 2개     중소기업의 컨소시엄, 컨소시엄에 중소기업의 2/3이상이 참여할 경우 참여기업의 현금 부담금[1]은 최저   10%이며 정부의 연구개발비 출연금은 75% 이내임[1]

❍ 국가연구개발사업의 수행 과정에서 얻어지는 유·무형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 주관연        구기관이 소유하며, 공동으로 개발한 경우 공동으로 소유

- 대신 정부는 기술료 징수를 통해 출연금의 일정부분을 정액기술료(정부출연금의 40% (대기업), 30%(중     견기업), 10%(중소기업) 또는 경상기술료(매출액을 기준으로 5년간 정부출연금 범위내에서 납부하는         방식)로 징수

 국가 연구개발사업 기본현황

❍ 최근 5년간(2010~2014년)간 국가연구개발사업 총 투자액은 79조원 정도로, 2010년 13조 6,827억원        에서 2014년 17조 6,395억원[3]으로 연평균 6.6%씩 증가하였으며[4], 연구개발 과제건수도 2010년 39      천건에서 2014년 53천건으로 지속적으로 증가함

- 연구수행 주체 중 출연연구소에 대한 투자가 가장 컸으며(2010년 5조5천억원→2014년 7조5천억원),         중소기업은 같은 기간 8천억원 증가함(1조6천억원→2조4천억)

- 기업규모별로 과제당 연구비는 2014년 기준 중소기업은 2.4억원, 대기업은 11.5억원으로 기업규모간         연구비 격차는 매우 크게 나타남

 국가연구개발 사업의 문제점

❍ 과학기술 관련 출연연구기관의 지나치게 높은 비정규직 비중

- 연구개발은 업무의 지속성이 중요한 역할을 수행함에 따라 정규직을 중심으로 한 연구 개발을 수행할       필요가 높게 나타남

- 이에 따라 정부는 출연연구기관 비정규직의 정규직 전환을 위한 가이드라인(‘14.6.27)을 발표하였지만,       2012년부터 올해 6월까지 출연연구기관의 신규채용 연구원 5천9백여명 가운데 4천백여명(71%)이 비       정규직 인 것으로 나타나 큰 실효성을 보이고 있지 못함[5]

- 연구개발 사업 수행에 있어서 장기적인 인력수급 계획없이 비정규직에 의존하는 형태는 출연연구기관       의 연구역량 확보 역량 약화 및 장기과제 수행에도 어려움이 따를 수 있음

❍ 연구개발에 대한 중소기업의 자부담 비중에 대한 실효성 및 정부의 관리감독 책임회피

- 연구개발비에 대한 중소기업의 부담금 비중은 최저 10%로 명시되어 있지만 정부 출연금은 최대 75%       로 설정되어 실제 중소기업(단독 참여 기준)의 연구개발비 부담금 비중은 25% 이상이라고 할 수 있어,       명시된 부담 비율보다 상대적으로 많은 금액을 부담

- 이와 함께 정부는 2016년 예산안에 연구비만 수령하고 연구 성과는 없는 좀비기업 방지를 위해 해당         비중을 35%로 상향조정하는 내용을 발표함에 따라 중소기업의 부담 비중은 늘어날 것으로 예상할 수       있음

- 또한 연구개발 과제 참여기업의 선정은 정부에서 함에 따라 참여기업에 대한 평가를 보다 철저히 하고     선정 이후 체계적인 모니터링 등을 통한 관리·감독을 바탕으로 도덕적 해이를 최소화 시킬 수 있도록         해야 함

- 하지만 연구개발비에 대한 중소기업의 자부담을 증가시키는 것이 실효성이 있을 것인가와 함께 정부       의 책임을 일정부분 회피하려는 성격으로 보여질 수 있음

❍ 중소기업에 대한 연구개발비 지원이 증가하긴 하였지만 여전히 대기업의 1/5(2014년 기준) 수준으로        중소기업에 대한 연구개발비 지원을 확대할 수 있는 방안이 마련이 필요함

- 대기업의 경우 충분히 자체적으로 연구개발을 수행할 여력이 존재함에 따라 중소기업에 연구개발비를       좀 더 지원할 수 있는 근거가 될 수 있을 것임

- 특히, 대기업에 대한 과다한 연구개발비 지원은 사업성과를 내야 하는 공무원 입장에서는 중소기업 보       다는 상대적으로 실패할 확률이 적은 대기업을 선호하게 되는 점이 일정 부분 반영되었다고 할 수 있       음

- 대기업이 수행하는 국가연구개발사업에 중소기업의 참여를 의무화 하는 방안 등을 통해 중소기업 전       체에 지원되는 연구개발비 비중을 늘릴 필요가 있음

 국가연구개발 사업 개선방안

❍ 정부 출연연구기관의 연구인력의 정규직화 및 정규직 비중을 확대할 수 평가지표 개발

- 정부에서 마련한 비정규직의 정규직화 가이드라인을 준수할 수 있도록 독려할 필요가 있으며, 기관 평       가에 있어서 해당 실적을 반영하여 불이행시 패널티 등을 부과

- 연구개발 계획 수립시(특히, 중장기 연구개발) 평가지표에 정규직 비중 등을 활용하여 연구인력의 정규     직화 유도

❍ 연구개발에 대한 정부의 체계적인 모니터링을 통한 참여기업의 도덕적 해이 방지

- 참여기업의 부담금을 증가시키는 것 보다는 참여기업에 대한 정부의 관리·감독 강화를 통해서 도덕적       해이를 최소화 시킬 수 있는 방안 마련이 필요함

- 이를 바탕으로 문제가 적발된 기업에게는 향후 5년간 정부 연구개발 사업과 관련한 정부의 예산지원을     중단하는 등의 패널티를 부과한다면 경쟁력을 갖추지 못한 좀비기업 및 한계기업은 자연스럽게 시장에     서 청산될 수밖에 없을 것임

- 반대로 연구개발 성과를 크게 낸 기업에게는 이를 더욱 확산시킬 수 있도록 하는 인센티브를 지급할         수 있을 것임

❍ 국가재정운영계획, 과학기술정책, 과학기술예산정책을 통합한 통합예산정책계획을 수립하여 예산편        성 과정에 반영

- 예산편성 단계에서 주관기관 또는 담당자의 주관적인 개입을 최소화하고 실질적인 기술 상용화의 주       체가 되는 기업의 의견 등을 반영하여 정부가 연구개발 투자를 일관되고 효율적으로 할 수 있도록 기       술분야/연구단계/수행주체를 고려한 통합예산정책계획 수립

- 이와 함께 중소기업 중심의 연구개발 예산 평가시스템 도입을 통해 연구개발비 지원에 따른 대기업 편     중 현상을 일정부분 완화시킬 수 있도록 연구개발 결과와 연계한 보상체계 및 패널티 제도 마련

[1] 현금 또는 현금과 현물 모두 허용 등 사업에 따라 기업 부담금이 다르게 적용되며, 현물 부담이 허용되는 비목으로는 연구       원의 인건비, 직접경비 중 보유하고 있는 연구장비·재료비로 현물부담의 범위는 대기업의 경우 50%, 중견기업은 70% 이내     임

III. 연구개발에 대한 정부의 조세지원

 연구개발 조세지원 현황

❍ 연구개발에 대한 정부의 간접적인 지원방식인 조세지원은 다양한 항목에서 이루어지고 있으며, 대부        분의 조세감면은 연구·인력개발비 세액공제 중심으로 이루어지고 있음

- 연구·인력개발비 세액공제에 대한 조세감면액은 2009년 1.5조원에서 2014년 2.8조원으로 1.3조원 증가      하였으며 비중 또한 2014년 기준 89.2%로 전체 연구개발 조세감면액의 대부분을 차지하고 있음

- 이는 연구 및 인력개발 중심으로 정부 지원이 이루어지고 있음을 의미함

 연구개발 조세지원의 문제점

❍ 전체 연구개발 조세감면액 가장 큰 비중을 차지하고 있는 ‘연구·인력개발비 세액공제’와 ‘연구 및 인력        개발 설비투자 세액공제’의 조세감면액을 기업유형별로 살펴보면 대기업에 조세감면 비중이 크게 증         가하고 있음

- 연구·인력개발비 세액공제액에서 대기업이 차지하는 비중은 2010년 57.5%(1조원)에서 2013년 67%          (1.9조원)로 10%p가량 증가한 반면 중소기업은 해당 비중만큼 감소함

- 연구 및 인력개발 설비투자 세액공제액에서 대기업이 차지하는 비중은 더 크게 나타나고 있는데 2010       년 94.9%(900억원)에서 2013년 96.1%(1,500억원)로 증가함

- 해당 결과는 연구개발에 대한 투자여력이 중소기업보다 상대적으로 높을 수밖에 없는 대기업에 연구       개발 조세감면액의 70%(2013년 기준)가 집중되어 있다는 것을 보여주는 것으로 기업유형에 따른 편차       가 심각함

- 연구개발 조세감면액은 투자액에 따른 비율이기 때문에 투자를 많이 할수록 더 많은 세제혜택을 받는       것은 원칙적으로 타당하지만, 대기업은 세제혜택을 받지 않더라도 미래먹거리 및 지속적인 경쟁을 위       해서는 연구개발에 당연히 투자를 하기 때문에 세액공제율을 조정할 필요가 있을 것임

 연구개발 조세지원 개선방안[6]

❍ 연구 및 인력개발과 관련한 세액공제를 ‘연구·인력개발비 세액공제’ 항목으로 통합하여 연구개발 지원      에 대한 실효성 제고

- 정부의 연구개발 조세지원은 ‘연구·인력개발비 세액공제’에 집중되어 있음에 따라 해당 세액공제에 연       구 및 인력개발과 관련한 항목을 통합시킬 경우 연구 및 인력개발과 관련한 복잡한 세액공제 항목 한       가지로 단일화시킴에 따라 효율성을 제고할 수 있음

- 이와 함께 ‘연구·인력개발비 세액공제’ 항목이 기업규모에 따른 차등 공제율이 가장 크기 때문에 해당       세액공제로 통합될 경우 연구개발 지원에 따른 대기업의 편중 현상을 일정부분 완화시킬 것으로 기대       할 수 있지만[7], 그것 보다는 중소기업의 연구개발 투자유인을 증가시킬 수 있을 것임 · 기업규모에 따       른 연구·인력개발 세액공제율은 대기업 3~4%, 중견기업 8% 그리고 중소기업 25%인 반면, 연구 및 인       력개발 설비투자 세액공제율은 대기업 3%, 중견기업 5% 그리고 중소기업 10%로 조세지원 형태에 따       라 차이가 크게 나타남

❍ 비수도권에 근무하는 연구개발 인력에 대한 인센티브 제공

- 지방소재 기업의 연구개발 활동과 관련한 가장 큰 애로사항 가운데 하나는 연구인력 확보 문제로 대학     과 공공기관의 경우 연구인력의 절반 이상이 비수도권에 근무하고 있지만 기업체의 경우 27.9% 수준       임

- 따라서 지방소재 기업에서 연구개발 인력을 채용 시 관련 세액공제율을 2배 정도 높이고, 연구인력에       대해서도 소득세 비과세 규모를 확대하는 방안을 검토해 볼 수 있을 것임

❍ 산학협력 등 연구협력이 활성화 될 수 있도록 연구개발 세액공제 차등지원

- 2007년 대기업의 연구협력 활성화를 위해서 대기업의 위탁연구개발비에 대한 세액공제율을 중소기업       수준(50%)으로 확대하였지만 일몰기한 도래로 원래대로 환원(40%)됨

- 공동 및 위탁연구의 경우 대기업은 연구성과를 제고할 수 있다는 장점을 지니고 중소기업 및 대학은         연구개발비 확보와 함께 대기업이 보유한 기술 등을 활용할 수 있는 장점 등으로 시너지 효과를 기대       할 수 있음

- 따라서 기업 자체의 경쟁력 강화에만 도움이 될 수 있는 일반 연구개발에 대한 세액공제율은 낮추되         산학협력 등 공동 및 위탁 연구개발에 대한 세액공제율을 50% 수준으로 재조정할 필요가 있음

❍  연구개발에 대한 중소기업의 경쟁력 강화를 위한 정부의 직접지원과 간접지원에 대한 방향 재설정

- 앞서 설명한 것처럼 연구개발에 대한 정부의 직접지원은 보조금 형태로 지원되며, 간접 지원은 조세감       면 형태로 이루어지는데 중소기업에 대한 직접지원 비중을 늘려 기업규모에 따른 정부지원을 재설정할     필요가 있음

- 간접지원은 기업이 연구개발에 투자한 금액을 정부에서 지원하는 형태로 정부에서 지원을 하지 않더       라도 기업은 경쟁력 강화를 위해 연구개발 투자를 할 수 밖에 없는 상황임

- 따라서 기업규모에 따라 간접지원 규모도 줄일 수 있지만 상대적으로 정부지원 규모가 큰 직접지원을       재조정하되 간접지원은 방식만 재조정(연구 및 인력개발 설비투자 세액 공제를 연구·인력개발 세액공       제로 통합)할 필요가 있음

[6] 연구개발 조세지원 개선방안은 노민선·이삼열(2014), 연구개발 조세지원제도 개선방안 연구, 한국 혁신학회지 제9권 제2호.     의 내용을 중심으로 수정·보완함

 ♣ 이 글의 내용은 집필자의 의견이며, 민주정책연구원의 공식 견해가 아님을 밝힙니다.